在公司的薪酬管理制度中，规定员工主动离职，这合法吗？

不合法。依据《劳动法》，员工主动离职也应按出勤天数和约定结算工资，饭补和交通补贴属工资组成部分，应发放。不及时处理可能引发劳动争议，影响公司声誉。
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常见处理方式为协商或诉讼。可先与公司协商，要求补发饭补和交通补贴；协商无果，则可通过法律途径维权，向劳动仲裁委提起仲裁或诉讼。
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不合法。处理方式：1.与公司协商，指出规定违法，要求补发；2.协商无果，收集证据，如工资条、合同等；3.向劳动仲裁委提起仲裁，或向法院提起诉讼，要求公司支付应得补贴。